Resorna ministarstva su Posrednička tijela prve razine i odgovorna su za definiranje uvjeta i objavu poziva, a to rade na osnovu Operativnog programa. Operativni programi su dokumenti u kojima je određeno koja su područja financiranja kroz pojedini sektor, tko su potencijalni prijavitelji, itd. Postupci za dodjeljivanje sredstava iz EU fondova temelje se upravo na ovim dokumentima, a ono što u njima nije određeno ne može se financirati.

Središnja agencija za financiranje i ugovaranje projekata Europske unije (SAFU) je jedna od strana potpisnica ugovora koja ima ulogu Posredničkog tijela druge razine što znači da je primarno odgovorna za praćenje izvršenja ugovornih obaveza i ovjeravanje troškova. Ovisno o pojedinom pozivu i različitom opsegu SAFU također radi i odabir projekata.

Nakon pronalaska natječaja čiji su prioriteti financiranja u skladu s ciljevima prijavitelja, potrebno je detaljno proučiti natječajnu dokumentaciju i priložene obrasce te pripremiti projektni prijedlog prema zadanim obrascima. Kako bi prijavitelj bio siguran u ispravnost projektne prijave koju predaje, radi se dodatna provjera ispravnosti kompletne dokumentacije. Ovaj korak je važan kako bi se osiguralo da prijedlog potencijalnog prijavitelja ne bude odbačen zbog razloga kao što su nepotpuna dokumentacija ili nedostatka izvornih dokumenata.

Poziv za dostavu projektnih prijedloga je najvažniji dokument kojeg bi svaki prijavitelj trebao detaljno proučiti. Radi se o dokumentima koji čine natječajnu dokumentaciju, a sadrže tekst poziva, upute za prijavitelje (sadrže sve relevantne podatke o natječaju), prijavni obrazac, obrazac proračuna, obrazac logičke matrice, dokumentaciju potrebnu za pripremu projekta, potpis ugovora i provedbu.

Proces prijave projekata na natječaje financirane EU sredstvima složen je posao u okviru kojeg je potrebno ispuniti različite uvjete za svaki pojedini natječaj. Priprema za natječaj trebala bi početi puno prije objave samog natječaja, što se odnosi prvenstveno na pripremu tehničkih uvjeta i kapaciteta za apliciranje. Pozivi namijenjeni poduzetnicima gotovo uvijek boduju određene pokazatelje poslovanja ovisno o vrsti natječaja, npr. visinu prihoda ili omjer prihoda u prethodnoj godini u odnosu na traženi iznos bespovratnih sredstava, koeficijent likvidnosti, udio vlastitih sredstava u projektu, itd.

Prijava na natječaj za dodjelu bespovratnih sredstava obuhvaća popunjavanje niza dodatnih obrazaca i prikupljanje administrativnih potvrda. Projekt koji se prijavljuje na određeni natječaj prezentira se kroz dokumente čiji su forma i sadržaj određeni kroz natječaj, a to su najčešće projektni sažetak, poslovni plan i investicijska studija ili studija izvodljivosti.